Der Bau der Mauer um die Altstadt war um etwa 1200 in vollem Gange. Um diese Zeit etwa entstand vor dem Tiedexer Tor auch das Hospital Beatae Mariae Virginis.

1235 schuf Friedrich II. auf dem Mainzer Reichstag ein neues Herzogtum als Reichslehen.
Das Herzogtum Braunschweig-Lüneburg wurde als erstem vom Welfen Otto, dem Kind regiert, welcher danach die Hoheit über die Stadt Northeim, das Leineberggericht und die Vogtei des Klosters Reinhausen erwarb.
Nach seinem Tod 1252 übernahm Albrecht I. die Regierung und setzte Ottos territoriale Expansionspolitik fort, indem er z. B. 1272 die erste Hälfte des Sollings und 1274 die Burg Nienover und damit verbunden die zweite Hälfte des Sollings erwarb.

Um 1260 ist auch die südlich gelegene Neustadt von eine insgesamt 2,3 km langen Ringmauer umgeben.
Diese Mauer markierte den Geltungsbereich eines eigenständigen städtischen Rechts, welches der Stadt von Heinrich (Mirabilis= der Wunderliche) von Braunschweig (1279-1322), Herrscher des Herzogtums Braunschweig-Lüneburg, zu dem Einbeck gehörte, 1279 verliehen wurde.
 

1268 starb der letzte staufische Kaiser ohne Erben.

Nach dem Tode Heinrich’s von Braunschweig wurde das Herzogtum Braunschweig-Lüneburg aufgeteilt (1291).
Sein Sohn Heinrich Mirabilis (der Wunderliche) erhielt ein Drittel der braunschweiger Lehen, ein Drittel des Rammelsberges (in welchem Silber abgebaut wurde),  Grubenhagen, Einbeck, Duderstadt, Gieboldehausen, Lindau, Herzberg, Osterode, das Kloster Amelungsborn und die Hälfte der Stadt Hameln.
Dieses Gebiet wurde nun als das Fürstentum Braunschweig- Grubenhagen bezeichnet.

Die Stadt Einbeck hatte um dies Zeit etwa 2000- 2500 Einwohner und war der Hauptort des Teilfürstentums Grubenhagen.

 1288 begannen die Bauarbeiten an der heutige Münsterkirche.
Heinrich Mirabilis stiftete das Chorgestühl (heute das älteste datierte Chorgestühl Deutschlands).

1297 wird in Einbeck von der Barrenwährung “marca puri argenti Embecensis warandae (Währung)” gesprochen (Manfred Mehl, Einbecker Jahrbuch Band 42, 1993, S. 20).
Dabei handelt es sich um Silberbarren von 5 bis 7 cm Größe mit einem Gewicht von etwa 127 bis 368 Gramm.

1291 wird das Land aufgeteilt, Heinrich Mirabilis wird Herrscher des Teilfürstentums Grubenhagen.

1297 wandelt Heinrich Mirabilis das Hospital Beatae Mariae Virginis in ein Kollegiatstift um.

1300 wurde das Stift St. Alexandri zum Mittelpunkt eines eigenen Archidiakonat erhoben und verfügte in seinem Sprengel über alle bischöflichen Rechte.
Das Archidiakonat unterstand direkt dem Erzbistum zu Mainz.

In den folgenden Jahren wurden mit dem zuständigen Ratsgericht in Braunschweig verfassungsrechtliche Artikel und Privilegien für die Stadt verhandelt.

1314 erteilte Herzog Heinrich den Augustiner -Eremiten, sich in Einbeck niederzulassen. Der Bettelorden war nicht beliebt und so weigerte sich der Rat der Stadt zunächst mit der Umsetzung von Heinrichs Willen. Im Gegensatz zum Rat der Stadt Hameln mußte der Einbecker Rat dem Landesherrn letztlich nachgeben.

1318 wurde das Maria-Magdalenen-Kloster gegen den anfänglichen Willen des Rates in die Stadt verlegt.

1348 erhielten die Bäcker-, Schuster-, Kürschner- und Gemeinheitsgilde das Recht, Vertreter in den Rat zu entsenden.

1367 wird bei der Verteidigung der nahegelegenen Burg Salzderhelden die erste Schußwaffe auf deutschem Boden eingesetzt.
Dies zwingt die Stadt Einbeck ab etwa 1400, ihre Befestigungsanlagen mit Wall,  Graben und Bastionen auszustatten, so dass Mauer und Türme an Bedeutung verlieren (ab Mitte des 15. Jhdts. werden vom Rat der Stadt Mauertürme an Bürger vermietet).

1368 wurde Einbeck Mitglied der Hanse und im sächsischen Städtebund mit seinen 21 Mitgliedern.
Das Einbecker Bier wurde die durch Einbeck verlaufende Nord-Süd-Verbindungsstraße rasch zum verbreiteten Artikel.
Die älteste erhaltene Urkunde zum Export des Einbecker Bieres stammt aus einer Hamburger Kämmereirechnung von 1351.

Die günstige Lage und der hinter Einbeck gelegene Hubeberg ließen die Stadt zum Etappenort werden.

1382 beteiligt sich Einbeck noch an einem Städte-Abkommen über den Gehalt des Silbers in den als Währung dienenden Barren. Doch schon kurz darauf machte der steigende Silberpreis und die Vermengung die Beimischung von unedlen Metallen dieses Zahlungsmittel unattraktiv, so daß nun mit Goldgulden aus anderen Städten bezahlt wurde.

Wahrscheinlich schon um 1430 erlangte Einbeck das Münzrecht (Hildesheim 1428, Hannover 1438) von den Welfenherzögen.

Im 15. Jahrhundert nahm die Bevölkerung deutlich zu.
Die Stadt hatte etwa 5500 Einwohner.